ثم عمل كمستشار في محكمة الاستئناف المختلطة في الإسكندرية عام 1914 م ، تقلد منصب وزير الخارجية في نظارة محمد سعيد الأولى (١٥ إبريل ١٩١٢-٥ إبريل ١٩١٤)، ثم عين وزيرا للمالية في نظارة حسين رشدي الأولى (٥ إبريل ١٩١٤-١٩ ديسمبر ١٩١٤)، فوزارة حسين رشدي الثانية (١٩ ديسمبر ١٩١٤-٩ أكتوبر ١٩١٧)، وأيضا وزارته الثالثة (١٠ أكتوبر ١٩١٧-٩ إبريل ١٩١٩)، وأخيرا وزارته الرابعة (٩ إبريل ١٩١٩-٢٢ إبريل ١٩١٩).
اختير رئيساً للوزارة ووزيراً للمالية (٢٠ نوفمبر ١٩١٩-٢١ مايو ١٩٢١)، وواجه ظروف عصيبة فور تقلده الوزارة إذ وصلت لجنة ملنر الانجليزية إلى مصر، وأدى مقاطعة حزب الوفد للجنة إلى تعثر اللقاء رسمياً بينها وبين العديد من المصريين، وتعرض للاغتيال على يد شاب مسيحي هو: عريان يوسف سعد، احتجاجاً على وصول هذه البعثة ، ففي عام 1919، أثناء مرور يوسف وهبة باشا رئيس الوزراء في شارع سليمان باشا، ألقى عليه طالب الطب القبطي عريان يوسف سعد ، عضو منظمة اليد السوداء ــ التي كانت تستهدف اغتيال ضباط الاحتلال البريطاني والمتعاونين معهم من المصريين - قنبلتين، إلا أنه لم يمت، وحكم على عريان يوسف سعد بالأشغال الشاقة لمدة عشرة أعوام. واعترف بأنه أراد كمسيحي، أنه يغتال عميل الاستعمار، حتى لا يدان المسلمين ويكون الباعث ديني، وتتشوه الحركة الوطنية.
من مؤلفاته: شرح القانون المدني بالاشتراك مع شفيق منصور، شرح قانون التجارة مع عزيز كحيل.
من أهم أعماله: أول وزير مصري يوقع على أوراق مالية مصرية ـ تأسس في عهده بنك مصر.
وزارة يوسف وهبه باشا ( ٢٠ نوفمبر ١٩١٩ – ٢١ مايو ١٩٢٠ )
خطاب من السلطان فؤاد إلى يوسف وهبه لتأليف الوزارة الجديدة:
أمر ملكي نمرة ٧٢ صادر لحضرة صاحب الدولة يوسف وهبه باشا ( 
عزيزي يوسف وهبه باشا : إنه بناء على ما لنا في ذاتكم من الثقة التامة، ولما نعلمه في دولتكم من الروية الصادقة والجدارة الكاملة قد اقتضت إرادتنا السنية السلطانية توجيه مسند رياسة مجلس وزرائنا مع رتبة الرياسة الجليلة لعهدة لياقتكم، وأصدرنا أمرنا هذا لدولتكم للاهتمام بتأليف هيئة الوزارة، وعرض مشروعه لجانبنا لصدور مرسومنا العالي به، وإني أسأل الله العلي القدير أن يمن علينا جميعا بتوفيقاته الربانية، للعمل بما يعود على بلادنا بالخير والسعادة وهو المستعان." في ٢٧ صفر سنة ١٣٣٨ (٢٠ نوفمبر سنة ١٩١٩). فؤاد
خطاب من يوسف وهبه إلى السلطان فؤاد: جواب حضرة صاحب الدولة يوسف وهبه باشا ( يا صاحب العظمة السلطانية لقد تفضلتم عظمتكم فأصدرتم لي أمركم الكريم بتأليف الوزارة الجديدة، وضاعفتم نعمتكم بمنحي رتبة الرياسة الجليلة ، لذلك أتقدم إلى أريكتكم المحفوفة بعناية الرحمن، راجيا قبول آيات الشكر على تلك الثقة العالية ومراسيم الامتنان على هذه المنحة العظمى ، وإنني تلقاء الدعوة الموجهة إلى إخلاصي أرى من الواجب علي أن أجيب بالقبول مع علمي بما في ذلك من المصاعب ، وإنني أتشرف بأن أعرض على أنظاركم العالية أسماء حضرات الوزراء الذين اخترتهم لمعاونتي وقد حفظت لنفسي مسند وزارة المالية ، فإن حاز هذا الاختيار حسن القبول لدى عظمتكم، فأنني التمس التفضل بالتصديق عليه ، وإنني على الدوام يا مولاي لعظمتكم الخادم الخاضع المطيع، والعبد المخلص الأمين." القاهرة في ٢٨ صفر سنة ١٣٣٨ (٢١ نوفمبر سنة ١٩١٩) . يوسف وهبه
خطاب من السلطان فؤاد بالموافقة على تأليف الوزارة:
المرسوم السلطاني بتأليف الوزارة ( نحن سلطان مصر : بعد الاطلاع على الأمر الكريم الصادر في ٢١ سبتمبر سنة ١٨٧٩، وبعد الاطلاع على أمرنا الكريم الصادر في ٢٧ صفر سنة ١٣٣٨ (٢٠ نوفمبر سنة ١٩١٩)، وبناء على ما عرضه علينا رئيس مجلس الوزراء، رسمنا بما هو آت :
المادة الأولى ، عين: يوسف وهبه باشا وزيرا للمالية ، إسماعيل سري باشا وزيرا للأشغال العمومية وللحربية والبحرية ، أحمد زيور باشا وزيرا للمواصلات ، أحمد ذو الفقار باشا وزيرا للحقانية ، محمد توفيق نسيم باشا وزيرا للداخلية ، محمد شفيق باشا وزيرا للزراعة يحيى إبراهيم باشا وزيرا للمعارف العمومية ، حسين درويش بك وزيرا للأوقاف .
المادة الثانية : على رئيس مجلس وزرائنا تنفيذ مرسومنا هذا."صدر بسراي عابدين في ٢٨ صفر سنة ١٣٣٨ (٢١ نوفمبر سنة ١٩١٩). فؤاد
خطاب من السلطان فؤاد لتعيين وزير:
مرسوم بتعيين وزير ( نحن سلطان مصر ، بناء على ما عرضه علينا رئيس مجلس الوزراء،
رسمنا بما هو آت : مادة ١- عين محمد شفيق باشا وزير الزراعة وزيرا للأشغال العمومية وللحربية والبحرية بدلا من إسماعيل سري باشا الذي قبل استعفاؤه لأسباب صحية ، ويقوم أيضا بطريق النيابة بأعباء وزارة الزراعة.
مادة ٢- على رئيس مجلس الوزراء تنفيذ مرسومنا هذا." صدر بسراي عابدين في ١٣ جمادي الثانية سنة ١٣٣٨ (٤ مارس سنة ١٩٢٠). فؤاد