قضى كلوت بك  معظم حياته في مصر، بعدما عهد إليه محمد علي باشا بتنظيم الإدارة الصحية للجيش المصري،  وصار رئيس أطباء الجيش. منحه محمد علي باشا لقب "بك" تقديرًا لجهوده في النهضة الطبية التي أحدثها في مصر .

أقنع كلوت بك محمد علي باشا، بتأسيس "مدرسة الطب" في أبي زعبل عام 1827، تولى إدارتها، وكانت أول مدرسة طبية حديثة في الدول العربية، وكانت تضم 720 سرير، والتي نقلت بعد ذلك إلى قصر العيني، والذي غلب على اسمها فأصبحت تعرف بالقصر العيني. ألحق بها مدرسة للصيدلة، ثم أخرى لتخريج لتخريج القابلات .
بذلكلوت بك جهودًا كبيرة في مقاومة الطاعون الذي حل بالبلاد عام 1830. وعني بتنظيم المستشفيات وهو الذي أشار بتطعيم الأطفال ضد الجدري. وفي عام 1847، كان كلوت بك أول من استخدم البنج في مصر في عمليات خاصة بالسرطان والبتر. أثرى كلوت بك المكتبة الطبية العربية، بالعديد من المؤلفات الطبية ، في عام  1849، عاد إلى مرسيليا ، بعد أن ساد مصر حالة من الإهمال في عهد عباس حلمي الأول، ورغم ذلك، عاد إلى مصر عام 1855، في عهد محمد سعيد باشاالذي قرر إعادة افتتاح مدرسة الطب في احتفال ضخم. وفي عام 1858، عاد كلوت بك إلى فرنسا لاعتلال صحته، وتوفي في مرسيليافي عام 1868. وقد تم تكريمه بأطلاق اسمه على شارعين في القاهرة وجرينوبل.

نقلت مدرسة الطب من "أبو زعبل" إلي "قصر العيني" في السنة 1837 م. وقد سمي بهذا الاسم نسبة إلي صاحبه أحمد بن العيني الذي كان قد شيده في عام 1466م على فرع النيل الموجود عليه حالياً ،

تم افتتاح أول مدرسة للمولدات بمستشفي قصر العيني. في السنة 1838 م.

ضمت مدرسة الطب ومستشفي قصر العيني إلى الجامعة المصرية وعين الدكتور ولسن مديرا لها، في السنة 1925 م.

عين الدكتور علي باشا إبراهيم عميدا للكلية والمستشفي في السنة 1929 م، واستمر رئيسا لها حتي عام 1940 م ، 

وكان قد التحق بمدرسة الطب بالقصر العيني في عام 1897 ويتخرج منها عام 1901 م الخطوة الكبرى في مسيرته كانت نجاحه في علاج السلطان حسين كامل من مرض عضال أجرى له عملية جراحية ناجحة أنعم بعدها السلطان عليه بلقب جراح استشارى الحضرة العلية السلطانية ، انتخب لعضوية مجلس النواب ثم اختير عميدا لكلية الطب عام 1929 م وكان أول عميد مصري ، وفي يناير سنة 1930 م ألف الجمعية الطبية المصرية عقب احتماع دعا إلى عقده وزملاؤه الذين أصدروا المجلة الطبية المصرية، فتح الباب لدراسة الفتيات للطب ثم عيّن وزيرا للصحة في وزارة حسن صبري يونيو 1940 م ثم مديرا لجامعة فؤاد الأول في سبتمبر 1941 م وقد أسس نقابة الأطباء في عام 1940 م وكان أول نقيب لأطباء مصر .

بدأ التفكير في إنشاء متحف قصر العيني في عام 1969. عندما أرسل، د / محمود المناوي في مهمة علمية للولايات المتحدة الأمريكية في جامعات كاليفورنيا. وأتيحت له فرصة رؤية ما فعله الغرب لتسجيل تراثهم الطبي بالرغم من أن بعض هذه الجامعات يرجع تاريخ إنشائها إلى فترة أحدث من قصر العيني، وبعد عودته من الولايات المتحدة الأمريكية عام 1973 بدأ في الاتصال بالعديد من الأساتذة لجمع تراث كلية طب قصر العيني الذي كان موزعا بين جنبات الكلية، وبذلك يعد هذا المتحف هو أول متحف متخصص لهذا النوع من المقتنيات الطبية والتحف الفنية التي تخدم وتؤرخ لتاريخ الطب في مصر، بل وبعض الدول الأوروبية التي كانت لها علاقات طيبة بمصر في ذلك الوقت. يضم المتحف بين جنباته الكثير من الأدوات الطبية التي استخدمها مشاهير علماء الطب من المصرين والأوربيين منذ إنشاء مدرسة الطب المصرية في عهد "محمد علي باشا" كما يضم الكثير من الكتب الطبية النادرة ولا سيما في علم التشريح هذا فضلا عن كثير من التحف الفنية النادرة التي تصور لنا بدايات مدرسة الطب في منطقة أبو زعبل ومدرسة طب قصر العيني بالقاهرة.

من القصر القديم إلى المستشفى "الفرنساوي"

هدم مبني قصر العيني القديم ليحل محله مبني حديث يتواكب مع مستحدثات العصر. وذلك في السنة 1980م.

تم توقيع عقد إنشاء مستشفي قصر العيني الجديد مع مجموعة فرنسية ( كونسرتيوم) مكونة من ثلاث شركات : سوجيا، ايبوتي دي فرانس، ست فولكييه. وذلك في السنة 1984م.

أصدرت جامعة القاهرة شهادة استلام مستشفي قصر العيني التعليمي الجديد من المجموعة الفرنسية في شهر نوفمبر، وبدأت مرحلة التشغيل الأولي في السنة 1995م.

قام الرئيس السابق محمد حسني مبارك والرئيس الفرنسي جاك شيراك بافتتاح مستشفي قصر العيني التعليمي الجديد في الثامن من أبريل ، وذلك في السنة 1996م.

و جدير بالذكر أن المبنى الجديد للمستشفى التعليمي - والذي يشغل مساحة كبيرة من جزيرة منيل الروضة - لم يعد يوصف بأنه الجديد، لأن المستشفى الفرنسي أصبح يحمل لقب المستشفى التعليمي الجديد .